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在节点具有不同计算速度、不同通信能力的异构机群系统上，分别建立求解z≤16和l〉16的Motif发现问题的最优序列分配模型，在此基础上设计实现融合投票和统一投影一邻居阈值思想的Motif发现并行算法。实验结果表明，给出的基于最优序列分配策略的Motif发现并行算法具有良好的加速和可扩展性，优于采用平均分配策略的Motif发现并行算法。