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利用扫描隧道显微镜（SIM）可对不同材料表面进行纳米级微细加工。在选取高定向裂解石墨（HOPG）和有机电双稳材料Ag-TCNQ分别进行直接刻蚀和电学改性的研究中，发现SIM脉冲电压极性对实验结果有影响。本文为此构建了物理模型，分析表明在不同极性的脉冲电压下，分别主要呈现电场效应或电子轰击效应。需要针对具体材料的具体加工要求，选择卿相应的脉冲电压极性。