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对新疆额尔齐斯河大峡谷地衣区系与国内7个不同地区的地衣区系成分进行了比较分析。结果表明：额尔齐斯河大峡谷地衣区系成分包括世界广布成分、环北极成分、温带成分、东亚成分和中国特有成分5种类型，其中，温带成分和环北极成分占绝对优势，这与该区地理位置、气候以及植被类型相符合。同时，该区地衣区系具有一定的东亚特色，但特有现象不明显。与国内其余7个地区地衣区系的数值分析表明，该区地衣区系与天山一号冰川的亲缘关系最近，与河北驼梁山的区系类型也较为相似，但河北驼梁山具有明显的亚热带区系特征，与哈纳斯国家级自然保护区、内蒙古赛罕乌拉国家级自然保护区、恰西雪岭云杉国家级自然保护区、重庆金佛山、武夷山的地衣区系关系较为疏远。