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介绍了高性能计算和基因芯片的基本概念，分析了基因芯片数据处理海量信息以及处理流程上适于采用并行算法的特点，根据当前生物信息软件普遍单机运行、处理时间长、效率低下的现状，提出了一种基于MPI并行计算方法的基因芯片数据处理模型。详细论述了该模型的运行环境、设计思想、系统结构、和功能模块，数学验证了其可行性，并对编码时使用的数据结构进行了简单介绍。最后，展示了系统运行的部分结果，与普通单机运行进行了运行性能的比较，并总结了并行运算下基因芯片数据处理的优点和问题。