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寄生于羊的隐孢子虫主要对羔羊致病，轻者消瘦、阻碍生长，重者引发腹泻，甚至死亡，造成严重的经济损失。寄生于绵羊和山羊的隐孢子虫中，微小隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）、人隐孢子虫（C．hominis）、猪隐孢子虫（C．suis）和隐孢子虫鹿基因型（Cervinegenotype）为人兽共患虫种和基因型。在羊场饲养员中隐孢子虫感染阳性率明显高于非饲养人员，表明羊是人隐孢子虫病的一个保虫宿主。