1866年左宗棠奏请在福建创办求是堂艺局，次年改称船政学堂，自此也开启了中国职业教育救国图强、振兴民族、艰难前行的历史征程。船政学堂集合了现代职业教育的全部生长基因和发展元素：办学理念突破传统，趋变求新；办学机制厂校一体，工学结合；办学模式理实一体，中西融合。时至今日，其独特的教育模式和办学思想依然熠熠生辉。实践证明，船政学堂的办学实践不仅开出了近代科学技术文明之花，也结出了人才培养和实业发展之果。
　　福建船政交通职业学院传承和弘扬150年前“船政根本在于学堂”的核心价值，工学紧密结合的办学形式，科技与人文结合的教育形式，人才为本、精益求精的教学理念，并秉承“趋变求新”精神，充分适应现代职业教育体系建设的时代需要，寻求“法治化、民主化、多元化、人本化”的现代职业学校制度建设路径， 形成了以体制机制创新带动人才培养工作持续向好的良好局面。
　　法治化依規办学，优化院校治理生态。学校紧紧抓住福建省深化职业院校“管办评分离”改革机遇，与省教育厅签署目标管理责任书，省教育主管部门充分放权、盘活资源、精准服务、望闻问切，学校明确目标、真抓实干、精准对接、全面改革。同时，以《求是堂艺局章程》为蓝本，依法制定并实施具有现代职业教育特色的《福建船政交通职业学院章程》，建立健全依法自主管理、民主监督、社会参与的职业院校治理结构，并推进“学校法律事务室”建设，对学校依法依章办学进行合法性审查，实现依章程规范办学。
　　民主化推进学校治理，激活多维办学活力。学校建立健全内部治理结构和运行机制，落实党委领导下的校长负责制，健全党委会、院长办公会议事规则，强化主体责任意识和担当意识，实行“党政同责”和“一岗双责”。建立健全院系二级管理体制，明晰学校是管理主体，系部是办学主体，充分盘活办学、用人、财务等自主权。实施教授治学，筹备建设“教授委员会”，规范学术权力与行政权力运行的边界，充分发挥教授在学校事业发展规划、专业建设、科学研究、社会服务等方面的主体作用。开展党委书记说发展、院长说办学、分管院长说管理、处室负责人说服务、系部主任说专业、教师说课、职工说岗位等治理活动。
　　人本化塑造管理理念，增强学校发展动力。学校按照现代大学制度建设的需要，出台《教育综合改革方案》《目标管理责任书（2016-2018）》《福建省示范性现代高职院校建设项目规划》等三大主体文件，探索经营性资产管理改革，为基于资本为纽带的校企深度融合提供保障，通过人才、服务、技术创新换取校企合作的共赢点，大力推动以校企合作为核心的办学体制机制创新。学校建立健全绩效管理与考核制度，围绕重大改革项目，建立配套的监督运行机制和办法，层层传导压力，细化工作任务和目标，形成长效机制。