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提出了连续框架下通过蛋白质分子场建模、特征提取及拓扑分析来提取蛋白质分子场骨架的方法。将蛋白质分子场视为3D标量数据场，首先为数据场建立连续模型，提取其特征点，然后从鞍点出发绘制2-鞍点到极大值点的积分曲线，获得光滑性好、精度较高的分子场拓扑骨架，最后以HIV-1型蛋白为例，与离散框架下提取结果比较，验证了方法的有效性。