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中西医结合基础学科2006年11月申报为“十一五”省级重点建设学科。学科2003年立项为云南省生物技术创新人才培养基地，2004年新增为硕士学位授权点，2005年申报为云南中医学院院级重点学科。学科现有8个教研室、5个综合类实验室，其中中医药学分子生物学实验室为高校重点建设实验室，中药药理实验室为国家中医药管理局中医药科研三级实验室，是学院中西医结合基础理论教学与科研中心。