小西葫芦黄花叶病毒山东南瓜和丝瓜分离物全基因组序列分析

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小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)是危害葫芦科植物的重要病原。本文在山东泰安采集到两个表现黄花叶症状的丝瓜和南瓜样品中检测到ZYMV;通过RT-PCR和RACE方法获得了两个分离物的全基因组序列,分别命名为CN:Cm:17(丝瓜分离物)和CN:Lc:17(南瓜分离物)。结果表明,CN:Cm:17和CN:Lc:17基因组除Poly (A)尾巴外分别含有9 593和9 591个核苷酸(Nucleotides,nt),通过多聚蛋白策略编码一个含3080氨基酸的多聚蛋白。CN:Cm:17和CN:Lc:17在氨基酸水平上一致率为96.7%;CN:Cm:17与韩国分离物KR:RDA:07的氨基酸一致率最高(97.8%);CN:Lc:17与CN:CJLX30535:14和CN:spider131932:13一致率最高(98.4%)。重组分析发现,CN:Lc:17分离物具有显著重组事件,为KR:KR-PA:05和CN:Cm:17两个分离物的重组体。基于多聚蛋白编码序列的系统进化聚类结果显示分组与分离物的地理起源存在密切相关性,所有中国分离物分别聚集在A-V和A-VI亚组。研究结果为更加准确地分析ZYMV遗传多样性提供理论依据。
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