肠道病毒71型山东临沂分离株3D区遗传进化分析

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目的构建肠道病毒71型(EV71)山东临沂分离株3D区的系统进化树,进行遗传进化分析,探讨3D区与神经毒力的关系。方法于2009—2010年在山东省临沂市人民医院采集手足口病(HFMD)患儿的粪便标本和咽拭子标本107份,进行EV71的分离;用Bioedit和MEGA 4对EV71山东临沂分离株SDLY1、SDLY11、SDLY48、SDLY96、SDLY107的3D区进行序列分析,参比序列选自GenBank。结果 3D区的系统发生树分析结果显示,5株临沂分离株在发生树上比较集中,SDLY11、96、107的3D区同源性最高,与CoxA16原型株G-10的系统发生关系较近,与EV71原型株BrCr/70的系统发生关系较远;3D区碱基构成比和氨基酸构成比分析显示,含量最高的碱基为A(29%),含量最高的氨基酸为亮氨酸(>10%);基因序列比对和氨基酸序列比对分析结果显示,碱基突变较多,但大多为静默突变,临沂分离株与CoxA16 G-10之间的氨基酸突变中有很大一部分是赖氨酸与精氨酸之间的突变,在SDLY107的3D区发现了3个特有的氨基酸突变:N37S、K142R、G261E。结论 EV71山东临沂分离株3D区的进化可能与CoxA16 G-10有关,突变N37S、K142R、G261E可能与EV71的神经毒力有关。
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