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当前生产上应用的瓠瓜品种众多，且商业品种间的遗传相似性愈来愈高，种子质量纠纷时有发生。为提供一种快速、准确、可靠的瓠瓜种子纯度检测方法，本研究以44份瓠瓜种质为试材，通过高通量测序自主设计开发适用于瓠瓜研究的SSR引物，从中筛选出8对诊断性引物，在此基础上建立基于SSR分子标记技术的瓠瓜种子纯度快速检测方法。根据本方法建立的瓠瓜主栽品种标准DNA指纹可高效鉴别瓠瓜种子真伪及纯度，满足瓠瓜种子产业化健康发展的需要。