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就基因芯片数据聚类分析中广泛应用的K-means算法对常见的2种类型的基因芯片数据上的应用进行研究。结果表明，不同类型的基因芯片数据适用于不同的预处理方式和不同的相似度。对于时间序列数据集，对数化转换后，相似度选择协方差所得结果最好。对于非时间序列数据集，对数转化最好，相似度选取欧氏距离、平方欧氏距离、马氏距离都比较好。