于2007年1月、4月、7月、10月,对三期蓄水后三峡库区秭归至江津江段的长江干流和5条支流(乌江、磨刀溪、梅溪河、大宁河、香溪河)的浮游植物进行了为期1年的调查。结果显示:在调查期间,浮游植物共计7门164种,以硅藻和绿藻为主,分别占浮游植物总种类数的48.78%和31.70%,其它门类共只占19.52%。优势种有美丽星杆藻(Asterionella formsa),尖针杆藻(Synedra acus),颗粒直链藻(Melosira granulata),实球藻(Pandorina morum),铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa),飞燕角甲藻(Ceratium hirundinella)和拟多甲藻(Peridiniopsissp.)。浮游植物种类的季节变化比较明显,种类数以秋季最多(101种),冬季最少(68种)。三峡库区浮游植物现存量的周年变化,干流明显比支流小。在干流中以春季最大(平均密度为27.75×104ind./L,平均生物量为0.88 mg/L),夏季最小(平均密度为6.97×104ind./L,平均生物量为0.25 mg/L);在支流中以春季最大(平均密度为269.30×104ind./L,平均生物量为6.75 mg/L),冬季最小(平均密度为48.88×104ind./L,平均生物量为1.33 mg/L)。Shannon-Wiener多样性指数在干流中平均值为1.84,四季中秋季最高,其次为冬季、夏季、春季;在支流中平均值为1.95,四季中夏季最高,其次为冬季、秋季、春季。