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旨在掌握南疆PRRSV流行毒株特点,为南疆PRRS的有效预防和控制提供理论依据.利用克隆和测序获得了5个南疆PRRSV ORF3基因全序列,并进行了序列分析.结果显示,5个南疆PRRSV ORF3基因长度均为765 bp,他们之间核苷酸同源性为90.3％-99.5％；与欧洲型代表株LV株、美洲型代表株ATCC VR-2332株、中国代表株CH-1a株和中国HP-PRRS代表株JXA1株核苷酸同源性分别为61.2％-62.2％、88.6％-89.2％、92.5％-95.8％和90.5％-99.2％；与中国猪养殖场常用的几种弱毒疫苗株核苷酸同源性为87.8％-99.6％；与美洲型毒株和欧洲型毒株氨基酸同源性为80.3％-99.2％和53.5％-55.1％；本研究的5株南疆PRRSV均属于美洲型亚群Ⅱ毒株.利用南疆PRRSV分子流行病学调查结果,可为南疆PRRS防制疫苗的选择等做进一步的调整或指导奠定基础.