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由于自然界中大部分的微生物种类到目前为止仍不可培养，传统基于培养和纯种分离的技术在研究微生物生态时面临很大障碍。分子生物学的进展为诸多长期困扰微生物学研究的问题提供了解决办法。核酸杂交技术已被证实在微生物系统分类和微生物生态等领域的研究具有巨大潜力并已被广泛应用。综述核酸杂交技术的基本原理、实际应用及其主要优点和局限性，以及提高其检测灵敏度和特异性的方法，并对该技术的应用前景作了探讨。