1. 利用害虫的习性进行防治
　　1.1喷丝性 菌蚊的幼虫有吐丝的习性，又群居拉网，一般用丝将菇蕾罩住，很容易被发现；另外其蛹有白茧，也容易被看到，对这些害虫可进行人工捕捉销毁。
　　1.2怕燥性 瘿蚊有幼体繁殖的习性（即一头幼虫可从体内繁殖20多头小幼虫），但瘿蚊虫体小、怕干燥。可将发生虫害的菌袋放在阳光下曝晒1～2小时，或撒石灰，会使害虫干燥而死，可降低虫口密度。
　　1.3喜水性 跳虫有喜水的习性，对于发生跳虫的菇块可以用水诱捕集后消灭。
　　1.4变色性 有些鳞翅目（如谷蛾和夜蛾类）幼虫老熟后身体很大，颜色也较艳丽，在采菇和管理中很容易被发现，可随时捕捉消灭。
　　1.5趋化性 一些害虫（如蝇科和螨科）对糖醋液有强烈的趋性，可在菇房中设诱杀盆，用白酒0.5份、水3份、红糖3份、醋3.5份，再加入少量敌百虫或敌敌畏诱杀；螨对炒熟的种子香味也有强烈趋性，可用炒香的茶籽饼或棉籽饼撒在纱布上，当螨聚集于纱布上后，把纱布放在浓石灰水里浸沾，螨便被杀死，连续几次，杀螨效果可达90%以上。另外，用5%辛硫磷0.25kg、麦麸1.5～2.5kg，加适量水，傍晚撒于菇房周围，可诱杀蟋蟀、蝼蛄等。
　　2.利用物理方法杀灭害虫
　　2.1黑光灯或粘虫板诱杀 利用蚊蛾的趋光性可以用黑光灯或节能灯诱杀，方法是在菇房灯光下放诱盆，内加0.1%的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死。也可以在强光处挂粘虫板，粘虫板上涂40%聚丙烯粘胶，有效期可达2个月。
　　2.2水浸法防治害虫 即使虫体浸于水中造成缺氧和促使原生质与细胞膜分离致死。但必须注意栽培块（袋）无污染、无杂菌，菌块经2～3小时浸泡不会散，否则水浸后菌块就会散掉，虽然灭了虫，但生产效益也会下降。方法是：瓶或袋栽培的可将水注入瓶或袋内，块栽的可将栽培块浸入水中压以重物，避免浮起，浸泡2～3小时，幼虫便会死亡漂浮，浸泡后的瓶、袋沥干水即放回原处。
　　2.3其他方法 在菇房门口、窗和通气口安装60目纱网，阻止成虫入内，在地道菇房的进出口保持几十米黑暗，注意随时关灯，防止成虫趋光而入。
　　3.土农药防治害虫
　　用除虫菊1kg，加水200～300L喷雾；博落回、猫儿眼、青藤根、雷公藤、毛茛、石蒜等均能杀死为害椴木栽培黑木耳的黑光甲；用半夏、野大蒜、桃树叶和柏树叶捣烂，以1∶1加入水，渍浸后取滤液喷施可杀死蚤蝇科害虫；用0.1%鱼藤精或1∶150～200的除虫菊喷洒，可杀死蘑菇跳虫。另外，在菇房上撒一层除虫菊或烟草粉末，也能防治跳虫。
　　4.改进栽培措施
　　搞好环境卫生，清除菇房内外垃圾，有条件的可撒些石灰保持菇房周围干燥，特别是上一年的废料，一定要在种菇前2个月烧毁或深埋；菌种培养室应定期检查和熏蒸，制作菌种时，用棉塞塞紧，外面包一层牛皮纸，防止害虫侵入；如发现害虫，必须经过熏蒸或低温冷冻等方法处理后，菌种方可使用；收菇后要认真清洁料面，除掉菇根及烂菇并集中深埋；对发病严重的老栽培室要进行熏蒸消毒（包括种菇用过的架子、工具等）。方法是用80mL福尔马林倒入40g高锰酸钾进行熏蒸，装高锰酸钾的容器要深，容积要比福尔马林大10倍以上；熏蒸时要密闭栽培室，2天后打开门窗通风换气24小时再装袋送入。也可用硫黄熏，用量为每5g/m3，密闭48小时后，再过2天进料；收完3～4茬菇后，及时清除料块，并远离菇房高温堆肥发酵或喷药，避免害虫在废料中繁殖；严禁新老培养块同放一菇房，以免害虫传播到新菇块中；除培养料要经过蒸煮及2次发酵外，覆土材料也要经过高温或药剂处理，将害虫杀死；食用菌栽培管理上要适当浇水，特别是要避免向菇体直接喷水。浇水过多，会造成菌丝和菇蕾腐烂，易滋生繁殖害虫。另外，还要有计划地促进食用菌的健壮生长，控制害虫的大量发生与传播。