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海洋是一种生物与环境、生物与生物之间相互依存，相互制约的复杂生态系统。系统中的物质循环、能量流动都是相对稳定，动态平衡的。当赤潮发生时这种平衡遭到干扰和破坏。在植物性赤潮发生初期，由于植物的光合作用。水体会出现高叶绿素a、高溶解氧、高化学耗氧量。赤潮造成的环境改变，使一些海洋生物不能正常生长，导致一些生物逃避甚至死亡，破坏了原有的生态平衡。