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标记基因的产生方便了植物的转化，随着转基因植物的迅速发展及商品化，人类更关注抗性标记基因的安全性。目前解决的有效途径是发展正向选择系统，使用非抗性的生物安全标记基因，主要包括糖类代谢酶基因（pmi和xyt4）、干扰氨基酸代谢酶基因（ak和dapA）、绿色荧光蛋白基因（gfp）、β-葡萄糖苷酸酶基因（gus）、核糖醇操纵子（rtl）和叶绿素生物合成基因（hemL）等。