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跨界流域生态补偿机制是解决上下游生存权与发展权矛盾、实现生态保护与区域经济一体化发展的制度创新。目前,全国首个跨界流域生态补偿试点——新安江流域生态补偿已进入到第三轮,仍面临着如何向长效机制转化的难题。通过对生态补偿的理论框架、实践过程与效益的研究,分析了生态补偿的运转机理以及存在的问题。研究表明:基于共享共建理论的流域生态补偿机制是科学可行的,但现阶段也暴露出水质保优难、资金链短缺、公众参与度低等问题,需要尽快建立国家层面的第三方平台,研究、统筹协调多方权益,探索多元化补偿机制,促进新安江试点向可推广的