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通过生物信息学分析观察40例甲状腺髓样癌患者的癌组织与癌旁组织的微小RNA(miRNAs,miR)表达谱变化,从而寻找疾病相关的重点miRNAs及其靶基因。
方法从Gene Expression Omnibus(GEO)中下载甲状腺髓样癌患者的基因表达数据表达芯片原始数据GSE40807。首先比较了两种样本的差异表达miRNA,利用数据库预测出差异表达miRNA的靶基因,随后分析了这些靶基因的功能及参与的代谢通路,并构建了靶基因之间的互作网络及靶基因与转录因子的调控网络。
结果与正常甲状腺比较,在甲状腺髓样癌中,有21个miRNAs表达发生了显著变化,其中18个miRNAs表达上调和3个miRNAs下调。利用11个预测靶基因数据库得到336个miRNA-靶基因关系对,对这些靶基因进行STRING蛋白互作网络分析,得到230个节点和491个关系对。此外对这些靶基因进行TF预测和调控网络构建,得到7个转录因子、156个节点和300个关系树。
结论通过生物信息方法系统分析了甲状腺髓样癌相关miRNA表达谱及相关靶基因,筛选到miR-124、miR-7和miR-129-5作为甲状腺髓样癌的相关调节因子。