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燧石岩成因较为复杂，一般认为它主要是在深水环境中形成的．通过对燧石的宏观和微观特征、矿物和化学成分以及硅氧同位素组成特点，并结合区内地质构造背景等方面研究，认为中太平洋海山燧石岩是SiO2交代有孔虫灰岩之产物．其主要特征和分析结果是：燧石中具有已硅化了的白色斑块，在显微镜下可见其岩石薄片上的有孔虫化石．有些燧石标本的局部处仍残留着有孔虫灰岩小块体(经鉴定有孔虫属正常海相)．燧石岩的矿物成分为较纯的低温石英，SiO2含量高达96％以上．具较高的δ^18O值(0．032)和较低的δ^30Si值(0．0004)