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目的 分析云南省2021年手足口病（Hand, foot, and mouth disease, HFMD）病例埃可病毒18型（Echovirus 18,E18）分离株基因特征。方法 从2021年云南省2个市州HFMD病例粪便标本中分离E18;对VP1区基因进行扩增、测序和拼接，获得全序列；构建E18分离株与GenBank中参考株的系统进化树，分析基因特征。结果 从HFMD病例中获得8株E18分离株，其完整VP1区序列的核苷酸、氨基酸同源性分别为96.75%-99.77%、97.21%-100%;与原型株Metcalf相比的核苷酸、氨基酸同源性分别为77.24%-78.63%、91.99%-93.73%。基于VP1区分型，8株分离株均属于基因型5分支2,且在VP1区存在特有的氨基酸位点变异（T80A、I240V、T274S和H281R）。结论 本研究E18分离株属于基因型5,可能在环境中循环了一段时间。需进一步加强HFMD病例E18监测和分子生物学特征研究。