【摘 要】
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[目的]转录组学是功能基因组学的重要组成部分.快速全面获取研究物种的转录组序列可揭示该生物体某一生物学现象或过程分子机制,是深入开展基因功能与结构研究的基础和出发点.空肠弯曲菌(C.jejuni)作为重要的食源性病原菌,其耐药性的广泛传播越来越引起人们的重视,研究其耐药机制对于控制C.jejuni感染具有重要的公共卫生意义.当前关于C.jejuni专录组学的研究报道甚少.[方法]采用RNase M
【机 构】
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中国农业大学国家兽药安全评价中心,北京100193
【出 处】
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中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十一届会员代表大会暨第十三次学术讨论会与中国毒理学会兽医毒理专业委员会第五次学术研讨
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[目的]转录组学是功能基因组学的重要组成部分.快速全面获取研究物种的转录组序列可揭示该生物体某一生物学现象或过程分子机制,是深入开展基因功能与结构研究的基础和出发点.空肠弯曲菌(C.jejuni)作为重要的食源性病原菌,其耐药性的广泛传播越来越引起人们的重视,研究其耐药机制对于控制C.jejuni感染具有重要的公共卫生意义.当前关于C.jejuni专录组学的研究报道甚少.[方法]采用RNase Mini Kit分别提取了C.jejuni敏感株和CAP、FFC耐药株样品的总RNA,并对提取的RNA样品进行纯化处理和电泳检测、超微量分光光度检测及Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer检测.构建C.jejuni敏感株和CAP、FFC耐药株等量混合样品的RNA-Seq测序文库,通过计算基因的表达量(RPKM)筛选差异表达基因(DEGs),并对这些基因进行GO和Pathway分析.[结果]参考C.jejuni ATCC 33560基因组,经测序产量和组装质量统计分析,共获得1347个转录本.结合转录组数据库比对,CAP耐药C.jejuni中共鉴定出290个DEGs,其中182个上调,108个下调；这些DEGs主要参与代谢通路、次级生物合成代谢、不同环境中微生物的代谢、核糖体和鞭毛组装等途径.FFC耐药C.jejuni中共筛选出93个DEGs,其中32个上调,61个下调；这些DEGs主要参与代谢通路、次级生物合成代谢、不同环境中微生物的代谢、核糖体和氮代谢等途径.[结论]本研究从转录组学水平全面检测了C.jejuni耐药相关的差异表达基因情况,从而为揭示细菌耐药机制提供了参考依据.
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