隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)和毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)是重要的人兽共患病原,易通过水源传播引起公共卫生突发事件.上海市是人口密集的城市,其供水格局为长江原水(70％)和黄浦江原水(30％)共同供给.目前尚未有对长江原水(青草沙水库)中隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫污染情况的调查,且2013年3月在黄浦江上游发生的"死猪丢弃事件"也引起了它对水质影响的关注.为了全面了解上海市两大原水供应地中隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的污染情况及其来源,本课题共采集了黄浦江原水样品178份,青草沙原水样品32份.所有原水样品都采用碳酸钙絮凝的方法进行病原的浓缩,进一步分别基于SSU rRNA或内部转录间隔区(ITS)的巢式PCR结合测序的方法,鉴定隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的阳性率及其虫种或基因型.在178份黄浦江原水样品中,共发现隐孢子虫阳性样品67个(37.6％),毕氏肠微孢子虫阳性56个(31.5％).5个不同的采样时间上,原水中隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的阳性率在第1批(2013/03,死猪丢弃事件中)(83.3％和41.7％)和第2批(2013/05,死猪丢弃事件稍后)(73.5％和44.1％)均显著高于后3批(2013/10,2014/01,2014/03).通过基因分型,共检出13个隐孢子虫虫种/基因型,其中,安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)和猪隐孢子虫(C.suis)为最主要的基因型,分别在38和27个样品中检出.共检出17个毕氏肠微孢子虫基因型,包括11个已知基因型(EbpC,EbpA,D,CS-8,PtEb Ⅸ,Peru 8,Peru 11,PigEBITS4,EbpB,G,O)和6个新基因型(RWSH1到RWSH6).其中,大多数毕氏肠微孢子虫基因型属于主要感染猪的Groups 1d和1e,其中包括在37个样品中检测到的优势基因型(EbpC).基因分型结果表明,死猪尸体对当时黄浦江上游水质造成了较为严重的两虫污染.虽然优势隐孢子虫虫种不是主要的人病原,但主要毕氏肠微孢子虫基因型为人兽共患病原,需引起水务部门的高度关注.相反,在32份青草沙原水样品中,仅发现隐孢子虫阳性样品1个(3.1％),虫种类型为安氏隐孢子虫(C.andersoni)；毕氏肠微孢子虫阳性2个(6.2％),基因型分别为Ⅰ和PtEB Ⅸ.整体上青草沙原水中两虫的污染程度较低,且对公共健康带来的风险不大.以上结果显示家畜为上海原水中隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的主要污染来源.这为上海市水源地的保护提供了理论依据.