大豆是支撑国家粮食安全和食品安全的战略产品。由于我国土地替代有限、品种竞争力弱,供求缺口不断加大。基因是作物改良的重要组成部分,作为起源地,我国的大豆种质资源在世界上最丰富,且携带丰富的优异等位基因。充分挖掘和利用其携带的优异基因/等位基因是实现分子育种培育突破性大豆品种的突破口。利用简化基因组t GBS和全基因组重测序技术鉴定了大豆系列核心种质为基础的千余份代表性大豆种质资源,鉴定出近一千万个SNP和INDEL位点,阐明了大豆的群体结构及进化特点,并结合基因型和多年多点表型数据进行了全基因组关联分析(GWAS),发掘出控制开花期、胞囊线虫抗性等重要农艺性状相关位点。在此基础上,整合已有研究结果,开发首个大豆功能性SNP基因型鉴定芯片--中豆芯一号,利用该芯片鉴定了大豆种质资源和育种材料,结合多年多点表型鉴定数据,开展了全基因组选择技术研究,为提高大豆分子育种水平和效率提供了材料、工具和技术支撑。