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環太平洋島弧是地球上火山地震最頻繁的地方，光合微生物是太平洋陸域火山地熱區中最主要的初級生產者；然而，我們對於地熱火山區的光合微生物多樣性了解甚少。本研究利用次世代高通量定序法，以rbcL (RuBisCO)作為目標基因進行西太平洋地熱火山區光合微生物的多樣性調查，瞭解在不同環境因子下光合微生物的群落結構。本研究探討西太平洋島弧上日本、台灣及菲律賓三地之地熱區光合微生物的群落結構，研究結果顯示西太平洋地熱火山區之光合微生物優勢群為真核單細胞深藍紅藻(Cyanidiales)，以目前文獻記載深藍紅藻可分為三屬，推估至少有二十種，大多生存於高溫、高酸的環境中，而在西太平洋酸性地熱火山區中深藍紅藻又以Galdieria此屬物種最為優勢，且在不同的棲地上優勢種不同。此外，在地熱火山區中也發現綠藻、矽藻及光合細菌。本研究有助於了解西太平洋地熱火山區光合微生物的多樣性。