【摘 要】
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[目的]筛选GTF处理后的差异表达基因,以期鉴定出葡萄糖氟虫腈(GTF)的转运载体.[方法]以蓖麻幼苗为实验材料,采用Illumina GA/HiSeq第二代测序平台进行RNA-Seq高通量测序,通过收集、比对与分析在100 μmol/L的GTF处理6小时后的转录本数据,高通量的分离和筛选差异表达基因并利用RT-qPCR技术对差异基因进行验证后利用计算机模拟结合分子生物学的方法对该基因产物的功能作
【机 构】
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华南农业大学天然农药与化学生物学教育部重点实验室,广东,广州,510642
【出 处】
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第二届生物农药理论探索及产业化技术创新研讨会
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[目的]筛选GTF处理后的差异表达基因,以期鉴定出葡萄糖氟虫腈(GTF)的转运载体.[方法]以蓖麻幼苗为实验材料,采用Illumina GA/HiSeq第二代测序平台进行RNA-Seq高通量测序,通过收集、比对与分析在100 μmol/L的GTF处理6小时后的转录本数据,高通量的分离和筛选差异表达基因并利用RT-qPCR技术对差异基因进行验证后利用计算机模拟结合分子生物学的方法对该基因产物的功能作进一步的验证.[结果]100 μmol/L的GTF处理蓖麻幼苗6小时后,共有104个基因的表达发生的变化(p＜0.01),其中21个上调,83个下调；随机挑选14个差异表达基因进行RT-qPCR验证,结果与RNA-Seq结果相一致；在上调的21个基因中有1个被注释为转运蛋白(29688.m000265,Peptide transporter,putative),并命名为RcPTR2.6,；RcPTR2.6cDNA：：GFP融合蛋白表明RcPTR2.6定位于细胞质膜；RT-qPCR分析表明RcNAXT1主要表达在蓖麻幼苗的根部,在蓖麻幼苗各组织中的表达量为：根＞胚轴＞茎＞子叶.[结论]RNA-Seq测序质量稳定可靠,筛选出差异表达转运蛋白一个,该转运蛋白定位于细胞质膜,在蓖麻细菌各组织中均有表达,且在根部表达量最高,子叶中最低.
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