酸乳清经乳清自然发酵，是云南传统乳制品加工的天然凝乳剂，其中优势乳酸菌资源值得探索.本文基于Illumina MiSeq 测序平台，利用双末端测序(Paired- End)的方法，对香格里拉市、德宏州、昆明市、大理州的40 份酸乳清中16S rRNA 序列进行测定，与SILVA 数据库进行比较，分析酸乳清中细菌群落多样性及各分类水平的细菌组成.进一步通过主成分分析(PCA)和冗余分析(RDA)研究细菌生物多样性与环境因素的相关性.结果表明：四个地区酸乳清菌群主要包括6 个门、41 个属，乳酸杆菌属和乳球菌属的基因序列相对丰度占酸乳清中细菌总数的63％和19.4％，为细菌群落的优势属.香格里拉的菌群包括6 个属，主要以乳杆菌属为主；德宏州的菌群包括31 个属，昆明的菌群包括15 个属，以双歧杆菌属为主.酸乳清菌群的多样性与纬度、pH 显著相关(P＜0.01)，与经度和海拔无显著相关性.本研究结果为云南酸乳清中细菌多样性研究及乳酸菌资源的开发利用提供理论依据.