【摘 要】
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目的获得五指山猪内源性反转录病毒5端非编码区(5UTR)cDNA,分析其一级结构和调控元件,为进一步研究其在PERV复制、转录中的调控机制奠定基础.
方法采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆来源于五指山猪的内源性反转录病毒(PERV-WZS)5UTR,并通过NCBI公共数据库BLASTN序列进行同源性分析,应用KEGG数据库对该转录调控区进行顺式作用元件定位分析.
结果通过RACE方法获得
【机 构】
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军事医学科学院输血医学研究所,北京,100000
【出 处】
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中国畜牧兽医学会畜牧兽医生物技术学分会暨中国免疫学会兽医免疫分会第六次学术研讨会
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目的获得五指山猪内源性反转录病毒5端非编码区(5UTR)cDNA,分析其一级结构和调控元件,为进一步研究其在PERV复制、转录中的调控机制奠定基础.
方法采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆来源于五指山猪的内源性反转录病毒(PERV-WZS)5UTR,并通过NCBI公共数据库BLASTN序列进行同源性分析,应用KEGG数据库对该转录调控区进行顺式作用元件定位分析.
结果通过RACE方法获得全长约1035bp的PERV5UTR序列,与GenBank公布的部分PERV5UTR相比较,同源性在82.6％～94.8％之间.一级结构分析发现PERV5UTR由U3、R、U5区、引物结合区(PBS)及前导序列组成,可能的核心启动子序列与具有增强子作用的39bp重复序列分别位于U3区的-67～+1与-97～-59区段.在5UTR转录调控区(-428～+507)鉴定出31个有效的顺式作用元件位点.
结论RACE技术快速、有效、实用,可有效获得病毒基因组的末端序列.在已鉴定的31个有效的顺式作用元件位点中NF-Y、TBP、Oct-1、HSF、GATA-1和GATA-2等与PERV的转录、调控密切相关.
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