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目的：DNA甲基化在胃癌发生发展中起重要作用,尽管胃癌的甲基化组变化已有报道,然而目前却少有研究对组学所得出的差异进行一一验证分析.本研究拟在甲基化组学结果的基础上,大规模验证筛选出的与胃癌发生和转移相关的甲基化差异基因.方法和结果：利用Aglient甲基化芯片分析4对转移和4对非转移的胃癌组织及其切缘组织的甲基化组,发现同切缘组织相比,胃癌组织的启动子区和第一外显子区以低甲基化为主(启动子区：26.8％ vs.23.4％,P=1.2× 10-4；第一外显子：13.8％ vs.3.0％,P=5.5×10-75),而在基因其它区域则以高甲基化为主(32.1％ vs.41.5％,P=5.4× 10-22).并且在染色体定位方面存在甲基化程度的差异,染色体7,8和20集中了高甲基化片段,而染色体3、4、15、18则富集了低甲基化片段.进一步分析,分别筛选出546个和601个与胃癌发生/转移相关的甲基化差异基因.根据差异基因的探针分布、差异大小及基因功能,挑选出78个基因进行验证.首先针对78个基因建立DHPLC甲基化检测方法,并分析它们在上述8对胃癌及切缘组织中的甲基化状态.与甲基化组结果一致者,分别在48对胃癌转移和非转移样品组成的发现亚队列-1及51对胃癌转移和非转移样品组成的发现亚队列-2中进行验证.同时利用亚硫酸氢钠-克隆测序验证DHPLC的测定结果.发现BMP3、BNIP3、CDKN2A、ECEL1、ELK1、 GFRA1、 HOXD10、 KCNH1、 PSMD10、 PTPRT、 SIGIRR、 SRF、 TBX5、TFPI2和ZNF382的甲基化在胃癌和切缘组织中存在显著差异(Ps＜0.05)；其中,GFRA1、SRF和ZNF382的甲基化与胃癌的转移呈负相关关系；在中、日、韩三国独立队列中,GFRA1、SRF和ZNF382的甲基化与胃癌的转移的负相关关系进一步得到了验证(N=222,78,152).Kaplan-Meier分析发现GFRA1、SRF和ZNF382甲基化的患者术后总生存时间长(Log-rank test,Ps＜0.05).进一步分析表明GFRA1、SRF和ZNF382三者组合判断胃癌转移具有协同效应(Trend test,P＜0.00001)；校正年龄、性别、分化、部位、pTNM分期后,三者组合为判断胃癌患者转移的独立因素(Hazard Ratios=0.753； 95％ CI [0.584-0.972]).结论：BMP3、BNIP3、CDKN2A、ECEL1、ELK1、GFRA1、HOXD10、KCNH1、PSMD10、PTPRT、SIGIRR、SRF、TBX5、TFPI2和ZNF382的异常甲基化与胃癌发生相关；GFRA1、SRF和ZNF382的甲基化变异与胃癌的转移呈负相关,三者组合对判断胃癌转移具有协同作用.