SRY是多数哺乳动物雄性性别决定基因,位于Y染色体.目的:对牦牛SRY基因的深入研究有望在分子水平上实现人为控制牦牛的性别,为今后遗传育种在分子方面奠定理论基础.方法:克隆测序SRY基因并利用生物信息学对其序列进行分析,利用DNAStar和CodonW分析软件分别研究麦洼牦牛、普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡和人该基因编码区的同源性及密码子偏好性.结果:麦洼牦牛SRY基因序列长721bp,含一个690bp的开放阅读框,共编码229个氨基酸;其编码区核苷酸序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡、人相应序列间的同源性分别为99.9％、93.9％、91.2％、96.5％、43.3％、21.4％、69.1％.经聚类分析,麦洼牦牛首先与普通牛聚在一起,绵羊与山羊聚为一类,这两类相聚后再依次与猪、人、小鼠相聚;最后与鸡聚为一类,其结果与以往的生物学分类结果一致.该基因编码的蛋白质分子式为C1155H1827N351O348S11,相对分子质量为2655.0,理论等电点PI为9.55,亲水性平均数为-0.855.其密码子偏好性分析显示,T3s为0.2905、C3s为0.3240、A3s为0.3728、G3s为0.2963,第3位碱基中G和C含量占第3位碱基总量的48.0％,同义密码子数为61.结论:麦洼牦牛SRY基因编码序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、人具有较高的同源性,在物种进化过程中属于较为保守的序列.该基因对含A的密码子有较高的偏好性,尽量避开以G结尾的密码子.同时该基因对碱性氨基酸的偏好大于酸性氨基酸,并且SRY基因所编码的蛋白质属亲水性蛋白。