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传统镜检方法检测粪样中的隐孢子虫(Cryptosoridium spp.)卵囊存在敏感性低、计数困难等缺点,本研究旨在对三种隐孢子虫实时荧光定量PCR检测方法进行比较,筛选一种有效的检测方法,用于准确评估小鼠粪便中隐孢子虫卵囊的数量.根据文献报导,选取种间保守的隐孢子虫小亚基核糖体RNA(small subunit ribosomal RNA,SSU rRNA)基因序列,合成三组引物,以及三种特定的TaqMan探针,分别命名为JVAF/JVAR(探针：JVAP18s)、CcF18s/CcR18s(探针：Csp18s)和CRU18sF/CRU18sR(探针：CRU18s).利用含微小隐孢子虫(Cryptosoridium parvum)18S rRNA序列的重组质粒DNA绘制标准曲线；以10-2～106个微小隐孢子虫卵囊提取的DNA为模板进行扩增,比较三种方法的敏感性；对柔嫩艾美尔球虫(Eimeria tenella)卵囊基因组DNA、刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)速殖子基因组DNA等进行扩增,观察三种方法的特异性.选择敏感性和特异性较好的方法,对3周龄和8周龄小鼠感染泰泽隐孢子虫(C.tyzzeri)后的排卵囊情况进行观察.结果显示,以JVAF/JVAR(探针：JVAP18S)、CcF18s/CcR18s(探针：Csp18s)和CRU18sF/CRU18sR(探针：CRU18s)为引物的实时荧光定量PCR方法的标准曲线斜率和方差相关系数(square correlation coefficients)分别在-3.10～-3.24和0.994～0.999之间.JVAF/JVAR(探针：JVAP18S)和CcF18s/CcR18s(探针：Csp18s)方法可以检测到0.1个卵囊,CRU18sF/CRU18sR(探针：CRU18s)则只能检测到最低1个卵囊.三种方法均不能扩增柔嫩艾美尔球虫卵囊以及刚地弓形虫速殖子DNA,显示其特异性良好.选择JVAF/JVAR(探针：JVAP18s)为引物对小鼠感染泰泽隐孢子虫后排卵囊情况进行检测,结果3周龄和8周龄小鼠感染后第3天(3 days post infection,3 DPI),排出的粪便中皆可检测到隐孢子虫卵囊,在12 DPI排卵囊量达到高峰,但3周龄小鼠排卵囊高峰下降缓慢,而8周龄小鼠在达到高峰后则迅速下降,提示以JVAF/JVAR和JVAP18s为引物和探针的实时荧光定量PCR检测方法敏感性高、特异性好,适合用于小鼠粪便中隐孢子虫卵囊的定量研究.