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蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测关键步骤.考虑氨基酸编码方式对预测精度的影响,提出基于一种改进的BP算法,采用3种不同氨基酸序列编码方式进行蛋白质二级结构的预测.在不同编码方式下,运用MATLAB语言实现改进BP神经网络的初始化和训练,并分析比较了各编码方式对蛋白质二级结构预测精度的影响.实验表明,采用此BP算法时,氨基酸序列的正交编码方式可获得较高的预测精度.