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小麦白粉病是危害小麦生产的主要病害之一，培育抗病品种是最为经济环保且有效的措施.挖掘新的抗白粉病基因，建立与之紧密连锁的分子标记，有助于抗病基因聚合，实现小麦品种抗病的广谱性与持久性.中国小麦地方品种葫芦头高抗小麦白粉病，遗传分析表明其白粉病抗性由一个显性单基因控制，暂时命名为MlHLT.利用小麦EST序列，中国春454测序contig序列，国际小麦测序协作组织释放的中国春探查(survey)序列，粗山羊草基因组草图序列和SNP标记延伸序列，开发了与MlHLT紧密连锁的分子标记Xwggc10233、Xwggc9952、Xwggc12722、Xwggc10410、Xwggc1076和Xwggc9819.同时利用集群分离分析(BSA)结合RNA测序的方法(BSR-Seq)开发出5个位于MlHLT候选区间的SNP标记Xwggc12461、Xwggc12462、Xwggc10531、Xwggc12575和Xwggc10532.据此构建了MlHLT精细遗传连锁图谱，将MlHLT定位于Xwggc9952和Xwggc9819之间0.232cM区间，其中Xwggc12722、Xwggc10531、Xwggc12461、Xwggc12 462、Xwggc12575、Xwggc10532、Xwggc10410和Xwggc 105 76与MlHLT共分离.选取粗山羊草和普通小麦核心种质资源，对MlHLT候选区间进行单倍型分析，结合遗传连锁分析结果，将抗白粉病基因MlHLT定位于标记wggc9952和wggc10532之间532.6 kb的物理区间，基因注释结果表明一个具有CC-NBS-LRR结构域的基因可作为MlHLT候选基因.研究结果对中国小麦地方品种抗病基因的单倍型变异、遗传进化、分子育种和抗病机理研究有重要意义.