抗生素是治疗人和家畜细菌性感染的有效制剂。由于对用药常识的缺乏和巨大经济利益的驱使，抗生素在畜牧养殖业中的滥用情况愈加严重，于此同时抗性基因亦成为一种新型污染物严重的危害着生态环境。本研究应用荧光定量PCR 技术(q-PCR)对采集自内蒙古锡林郭勒牧区的6份传统酸牛奶和5份酸马奶样品中的常见抗生素抗性基因进行了定量研究。结果表明，链霉素，利福平和万古霉素类抗生素抗性基因丰度最高，在每毫升发酵乳中的丰度均高于108个拷贝数。而四环素类，磺胺类，红霉素类，甲硝唑类，氟喹诺酮类，氯霉素类和青霉素类抗性基因丰度较低。此外，通过对比酸牛奶和酸马奶样品，发现上述两种样品中常见抗生素抗性基因差异并不显著。锡林郭勒牧区发酵乳中的常见抗生素抗性基因丰度，间接的揭示了抗生素在当地的使用情况以及抗性基因对当地生态环境的污染程度，同时也为抗生素抗性基因在环境中的来源、传播、和扩散机制的解释提供了基础数据。