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采用实时荧光定量PCR技术和基于Illumina平台的高通量测序技术对3个品牌4组进口天然奶酪表皮和内部、3种内蒙古奶酪(无表皮)样品的细菌群落丰度和构成进行研究，解析不同奶酪商品的细菌群落组成。结果表明：11个样品获得有效序列数量均超过50 000条，文库覆盖率均超过99％。可操纵分类单元(OTU)数量在361-646之间。不同品牌进口奶酪之间、相同品牌奶酪表皮和内部之间细菌OTU数量、物种丰度Chao 1指数、种群结构多样性Shannon指数和均匀度Simpson指数差异较大，但进口奶酪表皮均较其内部具有更高的细菌物种丰度、种群多样性和均匀度；内蒙古奶酪总体上较进口天然奶酪具有更高的细菌物种丰度、种群多样性和均匀度。不同品牌进口奶酪中发酵剂微生物均为优势种群，包括乳球菌属、链球菌属、乳杆菌属，相对丰度为79％～97％，但其中商品标注的人工添加发酵剂微生物并非绝对优势类群；不同品牌进口天然奶酪中非发酵剂微生物相对丰度为2％～16％，主要分布于细菌的变形菌门、拟杆菌门、放线菌门和异常球菌-栖热菌门。因此，不同制作工艺和制作环境对奶酪细菌群落结构产生了影响。