木里煤田处于多年冻土区内，具有独特的冻土地貌和水文地质条件。水文地质条件对煤炭资源开采较为重要。区内的地表水资源丰富，地下水相对贫乏，由于多年冻土的存在，该区水文地质条件较为复杂。与冻土有关的地表水体——热融湖，在矿区普遍存在。煤层赋存于中祁连褶皱带中，新构造运动强烈，地震频繁，为构造融区发育提供了空间和不可缺少的热能。位于多年冻结层下的煤层顶底板承压水依靠构造融区获得大气降水、冻结层上水和地表水体的补给。构造融区起着贯通地表水和地下水的作用。在今后煤矿开采过程中，井巷开掘破坏了岩体的力学平衡，地下水将通过井巷垮落带和构造融区向井巷突水，其中后者将具有更大的突发性和危害性。新构造运动和地震将是突水最主要的诱导因素。地表热融湖塘和构造融区水的存在和贯通将成为冻土区煤层开采最大的隐患。