【摘 要】
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目的 应用下一代测序技术对3例马凡综合征(Marfan syndrome)及1个限制性心肌病家系进行致病基因突变检测,明确其致病突变,为产前诊断及遗传咨询提供依据.方法 首先采用遗传病试剂盒对700余种常见复杂单基因遗传病的328个致病基因进行多重扩增,用于文库构建.每个个体用特异性序列标签(barcode)进行标记；然后应用Ion OneTouch进行模板制备及乳化PCR；最后用318半导体测序
【机 构】
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中国医学科学院基础医学研究所医学遗传学系 北京协和医院心内科
【出 处】
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中华医学会2012年医学遗传学年会暨全国第十一次医学遗传学学术会议
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目的 应用下一代测序技术对3例马凡综合征(Marfan syndrome)及1个限制性心肌病家系进行致病基因突变检测,明确其致病突变,为产前诊断及遗传咨询提供依据.方法 首先采用遗传病试剂盒对700余种常见复杂单基因遗传病的328个致病基因进行多重扩增,用于文库构建.每个个体用特异性序列标签(barcode)进行标记；然后应用Ion OneTouch进行模板制备及乳化PCR；最后用318半导体测序芯片在Ion Torrent个体化基因组测序仪(Personal Genome Machine,PGM)上进行高通量测序.序列比对及SNPs和Indels提取用Ion Torrent Suite 2.2软件进行,得到的SNPs和indels再用dbSNP135数据库过滤,剩余的可疑致病突变经Sanger法测序验证.用Integrated Genomics Viewer(IGV)软件进行序列浏览.结果 用一张318芯片得到855.80Mb的总数据量,4个样本的平均测序深度均达到100X以上,对目的区域的覆盖度在92.4％-97.1％之间.数据经软件分析及过滤dbSNP135数据库后得到的可疑突变用Sanger法测序验证,结果在1例马凡综合征患者中发现一个FBN1基因错义突变(c.5431G＞A p.Glu1811Lys),在1例限制性心肌病中发现一个CAPN3基因错义突变(c.2120A＞G p.Asp707Gly),该突变在家系中与疾病表型共分离.这两种突变均为已经报道的突变.另外2例马凡综合征患者在首次数据分析中未发现可疑突变.后经IGV浏览DNA测序结果,发现2个FBN1基因可疑突变,一个为无义突变(c.6790G＞T p.Glu2264X),一个为插入突变(c.2612dupTp.Leu871PhefsX23),并通过Sanger法测序得到证实.结论 应用下一代测序技术快速有效地发现了4种复杂单基因遗传病致病基因突变.该方法具有高通量、省时、省力及经济的优势,在复杂单基因遗传病进行遗传检测方面具有很好的应用前景.
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