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应用RT-PCR方法扩增了猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株编码复制酶聚蛋白的ORF1序列，将其进行克隆、序列测定和分析。确认SC-Y株ORF1全长20053bp(GenBardk收录号DQ390461)。该序列包含2个ORF，其中ORF1a由12 053个核苷酸构成，可编码由4018个氨基酸组成的多肽，ORF1b由8036个核苷酸构成，可编码由2678个氨基酸组成的多肽。对SC-Y与TGEV参考毒株及不同冠状病毒对应区进行序列比较，结果显示，SC-Y株与PUR46-MAD株的同源性最高，ORF1a的核苷酸同源性为99.5％，推导氨基酸同源性为99.2％，ORF1b的核苷酸及推导氨基酸同源性均为99.8％；不同冠状病毒之间ORF1b比ORF1a具有更高的保守性。密码子偏爱性分析结果认为TGEV对以T和A结尾的密码子表现轻微的偏爱性，复制酶聚蛋白基因的表达选择酵母等真核系统可能更为合适。