生物系统由静态和动态两部分构成。静态部分由基因组中所有基因组成，这些基因是生物系统的基本构造元件。随着大规模基因组测序、基因预测以及注释的完成，生物学研究更加关注动态部分即基因调控网络。基因调控网络结构的改变是细胞分化和肿瘤生成等生物现象的深层原因。基因调控网络中最重要的部分是转录水平的调控，其研究方法可以分为自下而上和自上而下两种主要策略。自下而上策略利用生物学实验或者计算生物学找到相互作用的一对或者多对基因或蛋白质，构建子网络，逐步延伸出整个调控网络。自上而下策略利用系统生物学和数学建模方法，依据假设的调控模型指导实验设计，获得符合模型需要的高通量数据，推导出基因调控网络。本文就与此密切相关的生物信息学方法，即调控元件识别、基因芯片数据的聚类分析和基因调控网络重构方法作一综述。