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化石胚胎学是近十年来古生物学和胚胎学、发育生物学结合而产生的交叉学科，它以来自地层中三维保存的动物胚胎化石为研究对象，通过地层学和古生物学的研究，揭示化石的年龄以及化石的结构、构造等形态特征，并结合胚胎学和发育生物学的相关理论知识，对化石形态特征进行鉴定和筛选，甄别出有意义的生物学属性后加以解释。化石胚胎学研究的基本内容是从胚胎化石材料中提取早期动物个体发育和系统发生的信息，以解决胚胎化石的生物学属性问题，并在此基础上探讨动物各分类群的宏观演化历程。