【摘 要】
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分子对接方法作为当今最为常用的基于结构的药物设计手段之一,其不仅能给出配体在靶标结合口袋内的正确结合模式,还可以预测两者的结合强度。随着分子对接程序的不断更新和开
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分子对接方法作为当今最为常用的基于结构的药物设计手段之一,其不仅能给出配体在靶标结合口袋内的正确结合模式,还可以预测两者的结合强度。随着分子对接程序的不断更新和开发,可选的程序越来越多,而对现有对接程序优缺点的全面了解则是能否将其合理应用于分子对接或基于分子对接的虚拟筛选研究中的前提条件。本课题基于PDBbind数据库中的2002个配体-蛋白晶体复合物,对包括五种商业化对接程序(LigandFit、Glide、GOLD、MOE Dock、Surflex-Dock)和五种学术免费的对接程序(AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock、UCSF DOCK)的采样性能和打分性能进行了系统的测评。
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