作为多元纠纷解决机制改革的法律化，民事司法确认程序标志着诉讼与非讼对接的矛盾纠纷解决机制改革进入一个新的发展阶段。民事司法确认程序通过赋予人民调解等替代性纠纷解决程序强制执行力，有效的实现了诉讼与非诉的衔接，弥补了非诉解决纠纷缺乏强制执行力的不足。2012年新修改的《民事诉讼法》将民事司法确认程序纳入到特别程序，但由于该程序制度立足于“二元分离适用论”的民事诉讼程序设置理论，导致在实践中出现了一些问题，亟需在新的程序法理的指引下对民事司法确认程序加以完善。　　论文遵循“理顺研究对象——分析问题——检讨原理论局限、提出新理论——在新理论基础上探讨完善措施”的思路，逐步深入，对于民事司法确认程序展开研究。首先，通过梳理民事司法确认程序的概念、特征，尝试着提炼出该程序的基本内容及其功能价值。其次，对于民事司法确认程序的问题予以归纳、分析，主要存在：受案范围界定不当、法官的审查权限不明确、司法确认无既判力与其功能设定冲突、未确立司法确认再审程序、虚假调解协议申请确认防范机制不完备等问题。再次，对于民事司法确认程序性质认识的误区，及其理论基础“二元分离适用论”存在的问题进行深入剖析，并在此基础上引入程序民事诉讼设置理论“交错适用论”，探讨民事司法确认应用该理论的具体路径。最后，论文提出从界定司法确认的受案范围，论证赋予司法确认裁定既判力的正当性及其具体路径设计，确立司法确认适用再审救济程序，补充虚假调解协议申请确认防范机制等方面对民事司法确认程序加以完善。