当代科学技术高度发展,知识呈爆炸式增长,大学中的科学研究形式也在发展着剧变。作为全新知识生产方式的跨学科研究成为知识生产的另一个着力点,大学中出现了如跨学科研究院、跨学科研究中心、跨学科课题组等多种不同的跨学科研究组织。然而这些组织在生长发展过程中面临着种种困境与阻力,本文以学科作为切入点,通过文献研究和案例分析,从学科知识和学科组织层面进行分析。学科是大学的基本单位。它既是一种知识体系,同时也是一种规训制度。沿着学科的逻辑对跨学科组织中的阻力进行探究：作为知识体系的学科,是将有内在逻辑的知识划分在一个学科范围之内,由学科共同体进行研究；作为规训制度的学科,则是把按照不同的知识逻辑进行组织建制,形成一定的研究组织。从学科的两个层面上去进行分析,可以探寻来自学科方面的阻力对跨学科研究的影响。本文主要分为四部分,第一部分主要对跨学科研究进行理论分析。分析跨学科研究的历史、现状以及特征。总结我国高校跨学科研究发展过程中存在的问题和基本特征;第二部分是从学科知识层面上进行阻力分析。主要包括学科边界的限制、学科内容的排斥、学科范式的吊诡,并将女性学作为案例进行分析研究；第三部分是从学科组织层面上进行阻力分析。主要包括组织结构的僵化、组织权力的对垒、组织文化的冲突和组织制度的失衡,并对南京大学人工微结构科学与技术协同创新中心进行案例分析。第四部分,针对问题,提出对策与建议,包括跨越学科边界、整合跨学科知识体系；突破学科组织搭建跨学科研究平台。