近年来，科学技术的不断进步和经济的不断发展，信息和市场全球化逐步形成，技术变革加速和需求日益多样化使得产品的寿命周期不断缩短。在制造型供应链管理模式下，企业面临着不断缩短交货期，提高产品质量，降低成本和改进服务的压力。在这种环境下，企业必须集成自身有限的资源和技术，发展自己的核心能力，而将非核心能力物流业务外包给第三方。随着现代物流理论的发展，第三方物流的出现，为供应链管理提供了一种新型的物流协作模式，使供应链的库存变得更经济，运输更快捷、更廉价。基于此，本文提出了基于第三方物流的供应链管理概念，阐述了基于第三方物流的供应链管理研究内容，重点讨论了第三方物流服务供应商的评价和选择及生产和分销系统库存和运输集成优化问题。 在第三方物流服务供应商的评价和选择方面，站在供应链的角度，建立了第三方物流服务供应商的综合评价指标体系。为了避免造成评价模型应用过程过于复杂，可操作性差等缺陷，本文采用两阶段评价方法对供应商做出评价和选择。首先，运用基于AHP的灰色关联分析法对第三方物流服务供应商进行初步筛选；然后运用DEA模型对系统进一步精选，并确定了评价有效性区间，得出了评价结果的可靠性。 在库存和运输集成优化问题方面，提出了库存和运输集成优化的概念。从数学建模的角度，探讨了库存和运输集成研究的内容。针对目前大多数外企的实际情况，建立了多供应商多仓库单制造商系统的库存与运输集成优化模型。考虑到模型求解的可操作性，本文提出了一种分解式算法。该方法先将库存和运输集成优化问题分解成库存问题和运输问题，并分别求解得出库存策略和运输策略。后提出一种简单易行、操作性极强的迭代算法，通过在库存问题和运输问题之间反复动态的计算，得出供应链各个节点的库存策略以及每个周期的最优运输路线。 在应用上，本文通过对某公司现有状况的调查和分析，为该公司重新建立了操作性极强的物流服务供应商的评价指标体系，并运用本文的评价方法对该公司预选的供应商进行了初选和精选。选出合格的供应商后，运用本文建立的库存和运输集成优化模型对该公司形成的供应链进行了优化，提出了一套现实可行的优化方案。