随着科技经费投入的大幅增长,国家越来越重视科研经费管理,对科研经费管理监管力度日趋加大。研究高校科研经费管理机制问题对于揭示我国高校科研经费管理行为的规律和本质、推动我国高校科研经费管理机制的完善与创新、促进我国高校科研经费管理的规范化及合理化进程、提升高校科研经费的使用效率等,具有一定的理论意义和重大实践意义。本文在借鉴相关理论与发达国家科研经费管理经验、综述国内外研究现状的基础上,运用案例研究、文献研究、比较研究等方法,描述S高校科研经费管理及其实施机制的现状与问题,并剖析这些问题的根源,进而提出解决这些问题的对策建议。本文全面阐述了高校科研经费特点、运行规律及科研经费管理机制,介绍了与本文研究相关的三种理论：委托代理理论、全面预算管理理论及内部控制理论,并简要论述了这三种理论与本文研究主题的适用性；介绍了S高校科研经费管理的现状并从多个方面、层次分析了S高校科研经费管理中存在的问题；剖析了科研经费管理及其机制中存在问题的根源,并总结了国内外科研经费管理的经验；结合S高校科研经费管理的实际情况及存在的问题,针对科研项目经费申请、经费使用、经费监督管理的全过程提出建立相应的信息沟通机制、预算管理机制、成本核算机制及监督管理机制,给出完善科研经费管理机制的具体对策建议。