为保护耕地,确保国家粮食安全和社会稳定,我国实行了世界上最为严格的耕地保护制度。但由于存在着耕地保护收益外部性和耕地保护责任和义务在区域间界定不清的问题,在如此严格的耕地保护制度下,我国耕地却依然快速减少,耕地保护政策未能达到预期效果。重庆市是我国中西部地区唯一的直辖市,集大城市、大农村、大库区、大山区和民族地区于一体,城乡二元结构矛盾突出,区域协调发展任务艰巨,特别是未来一段时期耕地保护形势严峻。基于重庆市在耕地保护中面临的严峻形势和我国现行耕地保护制度未能达到预期效果的现实情况,本文旨在从耕地保护责任和义务公平对等的角度,研究依靠经济手段构建耕地保护区域补偿机制,寻求耕地保护外部性内在化的解决方案,以达到抑制耕地快速减少、协调区域利益关系、完善耕地保护制度的目的。全文共七章：第一章主要论述本文的选题背景、研究目的和意义,研究内容、研究思路和方法等,并对当前国内外耕地保护和耕地保护补偿的研究进展和现状、探索和实践进行回顾、和总结。第二章对耕地保护区域补偿研究的基本概念进行阐释和界定,并基于稀缺原理、外部性原理、土地价值理论、制度经济学理论和可持续发展理论对耕地保护区域补偿进行分析,为论文建立了理论基础。第三章分析了重庆市耕地保护现状和面临的形势,提出了创新耕地保护制度、构建补偿激励机制的必要性。第四章阐述了构建耕地保护区域补偿机制的意义,提出了构建耕地保护区域补偿机制的总体思路,对区域补偿中的各要素进行了分析和界定,并从各区县耕地保护责任和义务公平对等的角度构建了重庆市耕地保护区域补偿的基本思路。第五章基于第四章提出的耕地保护区域补偿机制的构建思路,从补偿主体和补偿对象的确定、补偿标准的确定、补偿资金的核算以及统筹基金的运行和监管等方面构建重庆市耕地保护区域补偿机制。第六章从法律、制度和技术三个层面探讨耕地保护区域补偿机制运行的保障措施,提出建立耕地保护区域补偿机制的对策建议。第七章从“为什么补偿”、“怎么补偿”、“谁补偿谁”、“补偿什么”、“补偿多少”等方面总结概括了研究的结论,并讨论了研究中存在的不足。通过研究,本文得出了以下几点结论：(1)为什么补偿?由于我国的耕地保护制度是通过行政命令的方式建立起来的层层委托、分级代理的委托-代理制度,存在着耕地保护责任和义务在区域间界定不清的问题,加之耕地保护收益外部性的存在,现行的耕地保护制度并不能有效激励各区域承担耕地保护责任的积极性。因此,为有效遏制各区域加速耕地非农化的冲动,激励其积极履行耕地保护义务,协调各区域间的经济利益,应在体现耕地保护责任和义务公平对等的前提下,依靠经济手段,通过区域补偿的方式消除区域间耕地保护的外部性,完善现行的耕地保护制度。(2)怎么补偿?补偿方式既可以是直接的资金或实物补偿,也可以是间接的政策或智力补偿。本研究构建的重庆市耕地保护区域补偿机制是以政府主导的通过公共财政支付和行政手段建立起来的依靠财政转移支付、专项基金等公共财政制度实现的一种资金补偿。(3)谁补偿谁?耕地保护区域补偿是由承担了较少耕地保护责任的区域(往往是人多地少且城镇化和工业化水平较高的经济发达地区)补偿承担了较多耕地保护任务的区域(往往是城镇化和工业化水平较低的粮食主产区、经济欠发达地区)。可以通过测算区域耕地赤字／盈余确定补偿主体和补偿对象,经测算,2008年重庆市耕地赤字区县是都市圈的沙坪坝等八区以及万盛区、璧山县、双桥区和万州区,即应支付补偿的区县,其余区县为耕地盈余区县,即应获得补偿的区县。(4)补偿什么?耕地保护区域补偿实际上是耕地赤字区对耕地盈余区所保护超出其义务范围的那部分耕地的价值进行补偿。因此,区域补偿涉及到补偿的耕地面积和补偿的耕地价值(标准)两个方面：①耕地保护补偿面积是指不同区域的耕地赤字／盈余面积,由于各区域的耕地自然质量和实际生产能力存在一定的差异,区域间的耕地保护补偿面积不具有直接可比性,因此,在区域耕地保护补偿金额的核算中应以农用地分等成果为依据按照一定的折算系数对各区域的耕地保护补偿面积进行标准化折算。②耕地保护区域补偿标准是指应纳入到区域补偿中的单位面积耕地的价值额度。由于耕地的部分价值已在市场交易中得到补偿、部分价值被耕地盈余区的耕地使用者享有,因此,不能按照耕地的价值进行完全补偿,应对未在现有市场条件下体现出来的那部分价值进行补偿。经研究,重庆市耕地保护区域补偿标准是指单位面积耕地的发展权价值、国家粮食安全战略价值和部分生态环境价值之和,按年租制支付即3.92元/m2·a。(5)补偿多少?经核算,2008年重庆市12个耕地赤字区县需向统筹基金支付的耕地保护区域补偿资金合计为279.90亿元,耕地盈余区县应获得的补偿资金合计为244.58亿元。