坛紫菜(Pyropia haitanensis Chang et Zheng)是我国重要的经济海藻之一，在食品、医药、化工等领域均有广泛的应用。随着我国紫菜栽培产业的持续发展，栽培品系的种质退化、良种的缺乏等制约紫菜产业效益的问题凸显，急需加强坛紫菜新品系相关经济性状及分子遗传背景的研究，为进一步推广优良品系应用于生产实践，提高经济效益奠定良好的基础。本文以选育新品系“浙东1号”（ZD-1）、当地传统栽培种（CT）等不同品系坛紫菜为主要研究对象，从丝状体培育、壳孢子放散、叶状体生长、藻体品质等主要经济性状方面进行比较分析，并利用 ISSR分子标记进行遗传背景研究，同时建立“ZD-1”SCAR标记，为后续坛紫菜应用与推广提供一定理论指导。　　本文主要结果如下：　　在育苗阶段，“ZD-1”的贝壳丝状体藻丝生长快，壳孢子集中在第一天放散且占总量的80％，当天即可完成采苗，放散总量显著高于“CT”，提高25%以上；“CT”壳孢子放散高峰出现在第二天，放散量占总量的50%左右，一般3天完成采苗。养成阶段：“ZD-1”叶状体边缘褶皱较多，固着基部发达；1、2水菜时期，两者生长差异较小，3水菜后，“ZD-1”生长明显快于“CT”，叶状体宽度逐渐增加，长/宽值逐渐减小，产量高于“CT”。成熟期（90日龄）“ZD-1”与成熟期野生品系相比，叶宽、长/宽值差异显著。“ZD-1”藻体比“CT”厚，略薄于野生品系。粗蛋白、碳水化合物、灰分、重金属As含量两个品系之间差异不显著；“ZD-1”粗脂肪含量显著高于“CT”，且提高了46.67%，重金属Pb含量降低21.05%。叶绿素a含量两个品系差异大不；“ZD-1”总藻胆蛋白含量为86.34±6.96mg/g，比“CT”增加了11.22%。“ZD-1”游离氨基酸中的呈味氨基酸，谷氨酸、丙氨酸及天冬氨酸，总含量为0.8026g/100g，为“CT”的1.23倍；总氨基酸含量为33.33g/100g，相比“CT”，提高3.994%。结果表明坛紫菜“ZD-1”作为新培育的品系具有壳孢子放散集中、基部附着牢固、藻体厚、生长快、产量高等优良栽培性状，适应浙闽海域混水区生长。　　利用 ISSR分子标记技术，对坛紫菜5个群体共75个个体进行遗传分析。从100个引物中筛选出10条引物，经 PCR扩增得到134个位点，多态位点百分率高达97.76%。总群体水平，遗传多样性指数分别为：Na1.9892、Ne1.4431、H0.2719、I0.4238，均高于个体水平。野生群体遗传多样性较高，表明野生种质资源保护较好，其中以慈溪群体遗传变异最为丰富。5个群体之间的遗传距离在0.1212-0.3259之间。聚类结果显示“ZD-1”群体独立为一支，其它聚为一大支，说明经过多年选育，“ZD-1”可明显的与野生群体分开。此外，在ISSR标记技术的基础上，筛选获得了可用于新品系“ZD-1”种质鉴定的SCAR标记，为进一步开展坛紫菜分子辅助选育提供一定参考。