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沉积物中累积的生源要素与富营养化的关系至为密切，即使外源负荷削减，它亦能阻碍湖泊水质的改善，因此沉积物生源要素的释放是导致水体富营养化的一个重要因子，而微生物在其中起着重要的作用。为了有效控制湖泊富营养化，就必须了解湖泊富营养化演化过程中生源要素循环的生物地球化学规律，尤其是微生物在其中所起的重要作用。
本研究以太湖沉积物为研究对象，分析比较了梅梁湾和贡湖湾3个采样点柱状沉积物样品中细菌种群的丰度组成，检测了不同季节、不同取样深度的太湖沉积物中碱性磷酸酶的活性，以探讨碱性磷酸酶活性、微生物种群与磷迁移转化的关系；同时，采用FISH技术检测了梅梁湾和贡湖湾两类湖区沉积物中参与氮循环的典型微生物的数量和分布，探讨了有无水生植物对沉积物中微生物组成及氮循环的影响。主要研究结果如下：
(1)解磷菌在太湖沉积物中普遍存在，各采样点沉积物表层解磷菌的种类与数量较多，随着深度的增加，解磷菌数量逐渐减少。解磷菌的种类秋季最多，冬季最少，但解磷能力较强的菌大部分出现在夏季；
(2)碱性磷酸酶活性范围为0.001～0.006 mmol·(g·min)-1，酶活性呈现较为明显的季节变动，梅梁湾碱性磷酸酶活性高于贡湖湾，随深度的增加，碱性磷酸酶活性逐渐降低。各采样点碱性磷酸酶在0～12cm活性较高且变化较大，12cm以下深度酶活性较低，基本稳定在0.001 mmol·(g·min)-1左右；
(3)碱性磷酸酶活性与解磷菌数量的相关性分析表明沉积物中碱性磷酸酶活性与解磷菌数量有一定相关性，相关系数为0.50～0.85；
(4)随着深度的增加，细菌和古生菌数量均逐渐减少，但在总细菌中所占比例有所增加。通过梅梁湾与贡湖湾两个湖区的对比表明，沉水植物覆盖度高的湖区沉积物中古生菌所占比例较低；
(5)梅梁湾氨氧化细菌及亚硝酸氧化菌的数量均高于贡湖湾，随着深度的增加，亚硝酸氧化细菌和氨氧化细菌数量均逐渐减少，梅梁湾到8cm左右、贡湖湾到10cm左右后，数量极低；
(6)实验中，NIT3探针检测的硝化杆菌，在表层约占变形菌纲α-亚纲的25％，说明硝化杆菌可能是沉积物中的主要亚硝酸氧化细菌；
(7)氨氧化古生菌在太湖沉积物中普遍存在，且数量高于氨氧化细菌，说明其对氮循环具有重要的作用。