2017年修订的《民办教育促进法》对我国民办学校实施了分类管理,规范了学校的内部治理机制,规定学校应建立董事会、理事会或其他形式的决策机构、执行机构并建立相应的监督机构。但由于此前的无序发展,民办学校存在许多治理问题,举办者权力过大,导致董事会职能难以发挥;非营利法人所有者缺位以及禁止利润分配的特性使得监督上存在困难;缺少有关董事责任义务的规定,董事权利义务不平衡。要解决这些问题,本文首先从借鉴公司法人的委托代理理论和利益相关者理论出发,认为非营利性民办学校的治理也存在代理问题,学校的资产带有社会公共属性,学校的运行涉及多方利益主体,因此,非营利性民办学校的内部治理可以借鉴公司治理的理论来合理设置各主体之间的权利义务。其次,我国现有的平行治理结构存在监督权和任免权相分离的缺陷,不能很好的起到监督作用,且与独立董事制度相互重叠,建议采用英美或德国的一元制模式。在非营利性民办学校的内部治理机制完善方面,应在董事会引入独立董事和专业委员会制度,有利于董事会权力相互制衡和科学合理的决策,还能为学校法人的发展带来更多的外部资源。非营利性民办学校董事责任制度,是内部治理和监督的重要机制,在董事责任的设定上,本文主张既要建立对董事的派生诉讼,也要建立董事对第三人的责任制度,两者结合才更有利于保护法人和其他利益相关者的权益。